Tras varios intentos independentistas que fracasaron, el 3 de noviembre de 1820, hubo un levantamiento, influenciado por los sucesos ocurridos con la gesta del 9 de octubre de 1820 (independencia de Guayaquil). Jóvenes cuencanos y en general el pueblo, tomaron la decisión de independizarse.
Al conocer la gloriosa jornada guayaquileña del 9 de octubre de 1820; cuencanos encabezados por Tomás Ordóñez, José Sevilla y el clérigo Juan María Ormaza, el 3 de noviembre enfrentaron a las autoridades españolas y proclamaron su libertad.
Los amotinados se replegaron a la Plaza de San Sebastián; el jefe militar leal a España, García Trelles se atrincheró y aseguró la plaza principal de la ciudad; los patriotas y el pueblo, mal armados flanquearon por el norte y se situaron en el punto de El Vecino, esperando recibir refuerzos.
El cura Javier Loyola, dirigiendo a los patriotas de su parroquia, ayudó en esta tarea, logrando aislar la ciudad. García Trelles, presionado por los ciudadanos, rindió las armas.
Lamentablemente, la libertad para Cuenca duró muy poco, pues el 20 de diciembre de 1820, el Crnel. González, luego de vencer a los patriotas guayaquileños en la primera Batalla de Huachi, venció también a los cuencanos en Verdeloma.
El levantamiento se dio a pretexto del siguiente hecho: un escribano debía dar lectura de un texto legal acompañado de la guarnición militar. Este sería el momento propicio para que los jóvenes asalten y desarmen a esa guarnición, y con las armas en la mano, proclamen la independencia.
Las autoridades sospechaban que algo iba a ocurrir, y no pusieron a toda la guarnición en la calle. Mantuvieron a la mayor parte el personal militar con sus armas en el cuartel. De todas maneras los jóvenes cumplieron lo planificado.
Pero, los militares reaccionaron y los jóvenes tuvieron que retroceder hasta la plaza de San Sebastián. Intentaron tomarse la plaza principal – no lo lograron por la presencia militar – entonces, bajaron al barrio de El Vecino, ahí en la tarde y en la noche se vivieron momentos de mucha tensión; puesto que, los militares no dejaban de perseguirlos.
Al día siguiente el 4 de noviembre las fuerzas estaban en batalla y la victoria no se decidía por ningunos de los bandos, hasta que llegó desde Chuquipata el cura Francisco Javier Loyola, con un refuerzo popular armado de picos, palos, lanzas, piedras, esto hizo que los militares se rindan.
Es ahí, cuando se produjo la rendición de los españoles y se funda la República de Cuenca por parte de los patriotas, que como dijimos, duró solamente hasta el 20 de diciembre de 1820. Al enterarse Antonio José de Sucre, de los hechos heroicos y que la Atenas del Ecuador, se encontraba en poder de los españoles, se dirige a Cuenca, para lograr que recobre la libertad. Es así como, el 20 de febrero de 1822, el General entra victorioso a la ciudad seguido de 22.000 personas que formaron su ejército, logrando por segunda y definitiva ocasión la Independencia de Cuenca.
Luego de esta epopeya heroica, el ejército de Sucre parte de Cuenca hacia Quito, rumbo al Pichincha, donde el 24 de mayo alcanza la libertad para la Patria, en Pichincha, el 24 de mayo de 1822.