El reparto del botín que Atahualpa ofreció a los conquistadores a cambio de su rescate, dejó a varios de ellos descontentos por la mediana cantidad que recibieron, en comparación con otros. Entre ellos estuvo Sebastián de Benalcázar, un desconocido extremeño que vino a la conquista del Perú y de la región de Quito, y que a fuerza de empeño, coraje y ambición logró un sitial en la Historia.
Luego del asesinato del emperador inca, Benalcázar permaneció unos pocos meses cerca de Piura, hasta decidirse a salir hacia Quito a fines de febrero de 1534. En el camino encontró alguna resistencia de los Paltas. No obstante, siguió hasta Tomebamba -la actual Cuenca-, donde cerca de 3 000 cañaris decidieron unirse a las fuerzas de los castellanos, en su avance a la conquista de Quito. Poco después atravesó el páramo y llegó a Tiocajas, donde el 3 de mayo de 1534 libró una batalla contra miles de indígenas, y la ganó. Luego de cuatro meses de viaje desde Piura y de haber librado varios combates, Benalcázar entró por primera vez a Quito en junio de 1534. La encontró arruinada. Rumiñahui había librado resistencia a los castellanos; sacrificado a las vírgenes del sol, acllas y ñustas de la familia de Atahualpa; escondido los tesoros del inca y prendido fuego a la ciudad. Luego de buscar el ansiado oro por El Quinche, Cayambe -donde halló cántaros de plata- y Caranqui -donde desmanteló el templo también revestido de plata, según cuenta el cronista Fernández de Oviedo-, Benalcázar fue llamado por Diego de Almagro para rendir cuentas de lo actuado y para hacer frente a la expedición de Pedro de Alvarado, quien había salido desde Guatemala para conquistar el imperio inca. Para reafirmar la posición jurídica y la primacía sobre esos territorios, que le asegurarían prioridad en la conquista, el mariscal Diego de Almagro decidió fundar el 15 de agosto de 1534, fiesta de la Asunción de la Virgen, la primera villa castellana en las actuales tierras ecuatorianas, sobre la llanura de Riobamba, a la que denominó Santiago de Quito. A continuación (siguiendo a varios historiadores de la ciudad como Andrade Marín, Salvador Lara, Descalzi y otros), Almagro nombró a quienes serían administradores de la ciudad y entregó las varas de justicia a los alcaldes nombrados, siendo testigos Sebastián de Benalcázar y Blas de Atienza. Cuando Alvarado llegó, ya todo estaba consumado. El 26 de Agosto se reunió con Almagro y, luego de la entrega de sus navíos y de algunos negros esclavos a cambio de 100 000 pesos de oro, concluyó su quimérica aventura . Empero, antes de que Almagro y Alvarado fuesen en busca de Francisco Pizarro para informar lo acordado, el 28 de agosto de 1534, y ante 800 hombres, Almagro decidió fundar la villa de San Francisco de Quito, sobre la efímera ciudad de Santiago, y designó a sus primeras autoridades. Del documento de esta fundación se observa la ninguna intervención de Sebastián de Benalcázar, pese a su papel fundamental en la conquista de la región del norte en su primera entrada. Sin embargo, Almagro lo nombró teniente de gobernador de la provincia, con expresas instrucciones dadas por el mariscal para que ejecutara los actos complementarios como el asentamiento de San Francisco en el pueblo que los indios llamaban Quito. Ahora quedaba con un buen número de hombres, muchos de ellos soldados con experiencia en Centroamérica, con quienes debía concluir la difícil tarea de someter lo que quedaba del ejército indígena, al mando de personajes como Rumiñahui. Casi de inmediato, Benalcázar salió nuevamente para el norte rumbo a Quito, aunque demoró tres meses. Por un lado, debió permanecer varias semanas en los alrededores de Riobamba, esperando que sus hombres se recuperaran luego del combate con Quisquís, uno de los capitanes de Atahualpa. Por otro, debió librar una serie de combates contra la resistencia indígena, dirigida por Rumiñahui y por el caudillo Quimbalembo, cacique de Sangolquí, con quien se batió en la zona comprendida entre Uyumbicho y Amaguaña, en el valle de Los Chillos. El 4 de diciembre de 1534, Benalcázar y sus tropas llegaron a la llanura de Turubamba (llano de lodo), donde probablemente descansaron el sábado 5. Al siguiente día, avanzaron hacia Quito y entraron. Con seguridad lo hicieron por la actual calle Maldonado hasta el Panecillo, luego por el sector de la actual calle Loja que, en tiempos prehispánicos, fue un caminito indígena; y, después, avanzó por el puente natural que existía sobre la profunda quebrada de Ullaguangahuayco o de los Gallinazos, hoy la avenida 24 de Mayo. El 6 de diciembre de 1534, Benalcázar y el grupo de conquistadores que le acompañaban decidieron asentar Quito, de acuerdo a lo dispuesto por Almagro, en “el sitio y asiento donde está el pueblo que en lengua de indios llaman Quito”, en las faldas del volcán Pichincha y a una altura de 2 800 metros sobre el nivel del mar. Aquel 6 de diciembre acudieron a empadronarse 204 personas, todas varones, entre los que se encontraban dos negros. Nada dicen las actas respecto de cómo pasaron y se albergaron las tardes y noches próximas los nuevos vecinos. No obstante, el Quito de aquellos días fue descrito por un soldado de Benalcázar como dos planicies suavemente inclinadas de oeste a este, interrumpidas por profundas quebradas por donde corrían limpias aguas; y en donde había “muchos tambos y casas, [así como] mucha comida de todo género y mucho ganado y ovejas de la tierra, mucha ropa y muchas pallas indias, ofrecidas al Sol, que ellos adoraban. Por su lado, Benalcázar partió poco después a la conquista de Popayán, Cali y el valle del Cauca; dejando larga descendencia en Quito y en toda la región. Así ocurrió realmente la fundación de Quito, hecha por Almagro el 15 y 28 de agosto de 1534, y asentada por Benalcázar el 6 de diciembre del mismo año. Una pequeña villa que acogió a algunos castellanos que decidieron quedarse aquí. Construyeron sus casas en el antiguo espacio aborigen y vivieron junto a unas cuantas indígenas, con quienes dieron inicio al mestizaje quiteño.
